由于土壤有机质缺乏，以及不合理的耕作和灌溉，大量施用化肥，土壤酸化，土壤次生盐碱化，破坏了土壤团粒结，致使土壤板结。土壤板结直接导致土壤-植物系统缺氧、缺水、缺肥，影响到土壤植-物系统的物质转化和能量交换，甚至某些生理活动和生命代谢不能正常进行，或者终止，或者向有害方向转化。

由于长期过量使用生理酸性肥料和化学氮肥，土壤中的酸性物质不断增加并积累，土壤中的钙镁等碱性物质被作物吸收利用或淋洗而减少，缺乏必要的补充调节，使土壤出现酸化现象。土壤酸化会加速土壤贫瘠化，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，土传病害严重发生。

由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，尤其是硝酸盐积累更甚。这些盐分随土壤水分上行聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，土壤结构破坏，理化生物性质恶化，轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成植物生理干旱，营养障碍、盐害、死亡。甚至失去农业利用价值。

一是长期不施或少施有机肥，土壤有机质得不到补充；二是超量施用化学氮肥，以及超出土壤负荷的高产，频繁的表土耕翻，则加剧了土壤碳的耗竭，致使土壤有机质含量减少。土壤有机质减少会引发土壤结构破坏和土壤板结，土壤肥力下降，土壤理化和生物性质恶化，土壤酸化和次生盐碱化，土传病害加剧，土壤净化能力减退等。

生产中不按作物所需营养元素比例施肥，不搞测土配方施肥，盲目过量施用氮磷钾，不施或少施有机肥和中微量元素肥，造成土壤中氮、磷的富集，土壤中钾、硅及钙、镁、硼、锌、铁、钼等中微量元素耗竭，导致氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素间营养比例失调，硅等有益元素缺失，并导致土壤营养元素拮抗，有肥而无用。

由于连续在同一块耕地上种植同一种或同科作物，因作物根系分泌物和残留物及某些病原生物在土壤中大量积累，使这块耕地土壤成为有病土壤。加之该作物所需要的营养元素因连续被吸收而缺乏，不需要的营养元素在土壤中累积，致使土壤营养失衡。再是土壤微生物生态群落被破坏，土壤对“有害微生物”的净化能力或抑制作用下降，有害微生物增多，有益微生物减少，生物性质恶化。