瓜菜根腐病防治难度较大，但只要掌握住了其发生发展规律，用药对路，防治该病还是能够取得较好效果的。
以较难防治的黄瓜根腐病为例，该病可分为镰刀菌根腐病和疫霉根腐病两种。镰刀菌根腐病主要侵染根及茎部，开始发病时初显水浸症状，而后腐烂，茎部没有明显缢缩，腐烂部位维管束变为褐色，不向上扩展，地上部初期症状不明显，后叶片于中午出现萎蔫，早晚基本恢复，严重的则多数不能恢复而枯死。
疫霉根腐病则除了部分特征与前面相近外，明显区别在于茎基部略有缢缩，湿度大时病部易出现稀疏的白色霉层，维管束不变色。高温时地上部易萎蔫，往往是先有几棵零星发病，浇水后或多湿条件下会迅速出现较大面积蔓延。
该两种病菌均以菌丝体、厚垣孢子和分别以菌核、卵孢子随病残体在土壤中越冬，从根部伤口侵入，借雨水、浇灌水传播再侵染。连作地块、高温多湿、土壤粘重、透水性差、连阴多雨或地势低洼处容易造成该病较重发生。
除治办法：
1.整地时每亩撒施80%多菌灵可湿性粉剂1～1.5公斤或定植时使用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂1～1.5公斤与干细土1：50倍拌匀，撒于定植穴内。
2.发病后：
(1)50%氯溴异氰尿酸可湿性粉剂750倍液+80%乙蒜素乳油3000倍液。
(2)30%甲霜·噁霉灵水剂2000倍液+20%松脂酸铜水剂2000倍液。
(3)58%甲霜·猛锌水分散粒剂600倍液+99%噁霉灵可溶性粉剂3000倍液。
(4)疫霉根腐病可选用10%氰霜唑悬浮剂600倍液+72.2%霜霉威盐酸盐水剂750倍液。
(5)68.75%氟菌·霜霉威悬浮剂600倍液+80%烯酰吗啉水分散粒剂2500倍液。部分病情严重的植株，喷完全株后还可在植株根部再连续点喷几下，等于变相灌根，以增加药效。
作物根腐病很常见，好的办法 就是提前预防，建议在定植后冲施帕尔奇根补精华液，养根生根提高作物的抗病抗逆性。
